As Casamatas são galerias subterrâneas à prova de bomba ligadas entre si e que serviram de refúgio à população quando a vila era vítima de ataques bélicos. Encontram-se no subsolo do Baluarte de S. João de Deus, sendo que também foram denominadas de Quarteis Velhos, em virtude de carência de casernas militares para alojamento da infantaria. São vinte salas subterrâneas, abobadadas e apenas três delas não possuem chaminés de ventilação. A sua primeira fase construtiva é do seculo XVII quando a muralha sofreu a remodelação que a transformou em fortaleza abaluartada. A sua funcionalidade esteve ligada a dois vectores essenciais, a paz e a guerra, e entre os seus múltiplos usos, serviu de armazém de víveres e de lugar de abrigo para a população da vila, já que possui uma mina de água e poço de abastecimento. No decorrer do seculo XIX, durante as lutas liberais, serviram também como prisão. Actualmente, as Casamatas albergam o núcleo central do Museu Histórico-Militar de Almeida. Das suas vinte salas subterrâneas destacam-se os espaços que receberam a colecção permanente nas seguintes temáticas cronológicas: As Origens (Neolítico, Romanização, Períodos Visigodo e Árabe), A Idade Média (do seculo XI ao XVI), A Guerra da Restauração (seculo XVII), a Guerra dos Sete Anos ou Guerra Fantástica (seculo XVIII), As Guerras Peninsulares (seculo XIX), As Lutas Liberais (seculo XIX) e a 1ª Grande Guerra Mundial (seculo XX).